御開山の日隆聖人は応永22年（1415年）伯父にあたる日存・日道両聖人と共に妙本寺（現在の妙顕寺）の綱紀の粛清に務めたが志を遂げられず同寺を去った。

そして油小路高辻と五条坊門の間に本応寺を建立し、日蓮大聖人の念願である人々の口に「南無妙法蓮華経」を唱えさせるべく教化を始めた。

本能寺は1415年から1432年までは「本応寺」と寺名を使い、1433年から現在まで「本能寺」を使用している。

その理由は「本門八品相応能弘之寺」の言葉より本応寺・本能寺という寺名にした。

また現在能という寺をに替えて使用しているが、これは五度も火災に遭遇したので匕（火）を嫌いの字に替えたものである。

上杉本の「洛中洛外図屏風」では「本能寺」と書かれている。